Sort Fantomtetra lever i langsomt flydende, vegetationsrige floder og bifloder, ofte med mørkt, humusfarvet vand (såkaldt sortvand). Miljøet er præget af lav pH, lav hårdhed og rig undervandsvegetation eller blade fra omkringliggende regnskov.
Sort Fantomtetraer viser ofte hierarkisk adfærd internt i stimen. Hanner kan "vise sig frem" med finnerne uden at være aggressive.